1987年设立档案室，1990年6月建立综合档案室，隶属于党政办公室。主要负责学校各类档案及有关资料的收集、征集、整理、分类、鉴定、保管、利用和统计工作。现有在编人员3人，其中副高职称2人，中级职称1人。档案室室藏档案由淮阴工学院、淮阴工业专科学校、淮海交通职业专科学校、江苏省农垦职工大学、淮阴职工大学5个全宗构成，包括党群、行政、教学、科研、基建、出版、外事、财会、声像等各类档案。目前室藏各类档案3.8万余卷，形成了内容独具特色、载体多种多样的档案信息资源库。